New York Times melaporkan rundingan itu tertumpu kepada Mohd Farik Amin yang disyaki terbabit dengan kumpulan Jemaah Islamiyah (JI) pada awal 2000.
Farik didakwa membantu pengganas Indonesia, Riduan Isamuddin yang dikenali sebagai Hambali dan dipercayai adalah dalang di sebalik pengeboman di Bali pada 2002 serta Hotel Marriot di Jakarta pada tahun berikutnya.
Seorang lagi warganegara Malaysia, Mohamad Bashir Lap, turut ditahan di kem sama kerana pembabitan dalam JI.
Farik dan Bashir ditahan di Guantanamo Bay sejak 2006.
Menurut laporan, perjanjian itu bakal melihat kedua-dua rakyat Malaysia itu dan Hambali didakwa.
Pihak berkuasa AS berharap Farik akan mengaku bersalah di negara itu untuk kesalahan keganasan dan bersetuju memberi keterangan terhadap Bashir dan Hambali.
Farik akan ditahan selama 4 tahun lagi sebelum dihantar pulang ke Malaysia untuk menghabiskan baki hukumannya.
Menurut laporan itu, pegawai AS menemui Timbalan Perdana Menteri, Datuk Seri Ahmad Zahid Hamidi pada 2 November lalu bagi membincangkan rancangan berkenaan.